残業計算の時間単価について

> 当社では、規定で
> 「１時間当たりの単価は、給料の月額に１２を乗じ、その額を１週間の勤務時間に５２（週）を乗じたもので除して得た額とする。」
> となっています。

この文章を数式にすると
　　Rt = S x 12 / Tw * 52
となりますね。
一般的には、給与月額を１ヶ月の所定労働時間で求めていると思いますが、１時間当たりの単価を求めているので問題ないとは思います。
この場合、１ヶ月の所定労働時間は、
　１日の所定労働時間に１ヶ月の労働日数（会社によって、２０日、２１日、２２日と就業規則や賃金規則で定義しています）を乗じて求めた１ヶ月の所定労働時間数を分母としています。

ただ、１ヶ月の所定内賃金の求める際に、支給項目（特に、毎月定額で支払う手当等）のうち、どの範囲を含めるかは、法的に規定されていますので確認が必要です。

>
> 時間単価の求め方は決まっていると思うのですが、このように自社規定で定められている場合は、規定に従うのが正しいのでしょうか？

前述の通り、御社の規定自体には問題がないと思われますが、１ヶ月の所定内賃金（残業単価算定の対象項目か否か）を確認する必要があります。

>
> また、計算で端数が出た場合の処理について教えてください。

蒸気の計算式で求めた、各個人の残業単価は、小数点第２位までの切り上げで処理します。（これをRtとします）
この金額に、超過勤務時間数（これをToとします）を乗じて、更に１．２５倍すると、超過勤務手当の額（これをTmとします）が求まります。
この計算の結果は、切り上げて整数化すれば良いとおもいます。

結論としては、
　　Rt = S x 12 / Tw * 52　...　小数点第２位で切り上げ
　　Tm = Rt x To x 1.25　　... １円単位で切り上げ

同様に、深夜割増賃金や法定休日就業割増賃金を求める際も、このRtに時間数と御社規定の割増率を乗じて求めます。
単数の処理は、同様に計算結果を切り上げて整数化します。

以上ご参考になれば幸いです。