裁量制の場合の振替休日

PANDA 様
解決済みかも知れませんが回答いたします。

裁量労働制について多少誤解がありそうです。
ご存知のとおり、労働基準法38条の2以降の規定は、みなし労働時間に関する規定です。労使協定に定めた時間について労働したものとみなすというものです。ただそれだけのことなのです。あくまでも、労働基準法上の労働時間の適用にあたっての労働時間の長さの算定に関するものに過ぎないのです。

労使協定でみなし労働時間を8時間と定めていれば、週休2日制の場合、時間外労働という認識はなくなります。たとえ、10時間労働しても8時間労働とみなすわけですからね。ただし、みなし労働時間を9時間とすれば毎日1時間は時間外労働となります。（これの発展拡大形と言えそうなのが、今話題の自律的労働時間制というものです。）
したがって、業務遂行の手段や時間配分の決定などを自らの裁量で行うことが認められ、他人から具体的な指示を受けない者など特定の者を、対象労働者として限定列挙する必要が出てくるわけです。

前置きがやや長くなりましたが、今回の質問で言われている深夜勤務や振替休日については特別な規定や、就業規則の記載は必要ないでしょう。すべて、労働基準法の本則が適用されます。（また、労働基準法の内容は就業規則にありますよね。）

以上です。

三木経営労務管理事務所　様

ご回答ありがとうございます。
お礼が遅くなり、申し訳ございません。

誠に勉強不足の質問で申し訳ありませんでした。
その後、自分なりに、勉強し、無理解の質問と反省しております。

まだまだ、初心者以前の質問をすることもあると思いますが、ご指導よろしくお願いいたします。