占有販売の方法は有りませんか？

特許以外の方法として、営業秘密として守る方法があります。
 
製造から使用方法までと書かれていますが、例えば、
・製造であればご自分で行なったり、秘密保持義務を負わせた社員や委託先に行なわせる。
・顧客に中身は伝えず、あくまで中身を開示しないものを提供する。（ものや顧客によっては、契約でしばったり、用意にアクセスできないように封をする？）
ということで、作業者や使用者が外部に情報を漏らさないようにする方法です。

ただ、権利として守っているのではなく、外部に情報を漏らさないことで守っていますので、漏れた場合には保護は困難です。
不正競争防止法に書かれている不正取得行為で漏れたことを証明できれば、差止請求権が使えるはずですが、証明は困難でしょう。
 
ここで質問されているということは、専門家にはまだ相談されていないのでしょうか？
そうであれば、弁理士の先生と相談されてはいかがでしょうか。
書き方で新規性をアピールすることが出来るかもしれません。
ただ、既に1回申請して、拒絶された段階で受けてくれるかは分かりませんが…
意見書の提出期限は長くはないので、まだ特許にしたいというお考えが残っていれば、急いだほうがいいかと思います。