児童手当拠出金は全額会社負担で従業員負担分がありませんから、当然給与からの拠出金控除がありません。
従って、給与計算ソフトに保険料率を入力しておいても、拠出金額の算出や支払いには直接影響することはないと思いますが。
もっとも、月々の給与データーをもとに厚生年金保険の算定資料が作成され、その結果として拠出金額を自動的に導き出すようになっているのなら、正しい料率にしておいた方が良いと思いますが、必ず正しくしておかなければというレベルかどうか。
給与ソフト内のデーターの相関から必要性を判断するしかないと思います。