免許取得制度について

ご質問は労基法第16条との関係する案件です。
会社と社員間で何も問題がなければ、社員への給与を含め退職金等は会社としては支払う義務が生じます。
お話の資格取得費用の会社負担、返還義務は判例では容認しています。
やはり、文書での締結が必要でしょう。

判例　免許取得費用の返還請求を認める　(2010年9月号より抜粋)
http://www.syaroshi.jp/roumu_q_a/1009_3.htm

労働基準法第16条では、使用者が、労働者が転職した場合などに、一定額の違約金を定めたり、損害賠償の請求を予定することを禁止しています。違約金や損害賠償の予定によって、労働者の自由意思が不当に拘束され、意に反して労働関係の継続が強制されることを防止する為です。
一般的に、その研修等が業務命令によるもので、費用負担が使用者として当然なすべき性質のもの、例えば新入社員研修とそれほど差がないような場合では、研修費用の返還を求めることは合理性が無く、第16条に違反するとされます。
が、
ご質問のケースと酷似した判例があり、費用の返還が認められています。規約、同意書作成にあたり参考にされてみては。

【藤野金属工業所事件（大阪高裁判決昭和43.2.28）】
資格検定のための技能訓練を労働者の願い出によって受けさせ、関連する費用を使用者が負担し、１年間その会社で働けば費用の返還を免除し、中途で退職する場合は返還するという約定については、(1)会社の返還請求額が合理的な実費であり、(2)使用者による立替払いと認められ、(3)返還すればいつでも退職が可能であり、(4)免除までに必要な就労期間が１年と短いことから、不当に雇用関係の継続を強制するものではない。
だからこの約定は同法第16条に抵触しない。というものです。