就業規則の周知について

ご質問の趣旨から外れますが
まず「就業規則」は全従業員がいつでも閲覧できる状態にありますでしょうか？これは必須事項です。

「おかしいのではと指摘がありました」というのは、何について疑問を持たれたのでしょう？
「育休中に変更になった就業規則について知らされていなかった事」もしくは「無給になった事」でしょうか？
また復職後６カ月経って初めて生理休暇を取得されたのでしょうか？

その辺が明確になると回答もしやすいと思いますよ。

就業規則の「周知義務」については労働基準法106条に書かれています。
判例でも、多くのケースで「労働者に周知した段階で効力が生じる」とされていますから、周知することが就業規則を機能させる条件といえます。
「復職後６ヵ月経っていますが、その間何も問題はありませんでした。」
とは？６ヵ月経ってもまだ知らせていないということなら、問題です。この場合は改正前の適用でしょうね。

就業規則の周知ついて、以前このようなブログ記事を書いたのでご覧になって見てください。
ＵＲＬ：http://blogs.yahoo.co.jp/gut_expert/61086607.html

ブログ記事で書かれてる方法で、改正後の就業規則を周知させてれば問題はありません。

周知の問題にそれていってるようですが？

生理休暇日の賃金控除をしておらず（全額払い）、「無給とする」と明記したなら、不利益変更ですので、労働契約法の世界となります。

単に文字文句を変更しただけでは有効にならず、変更手続きのプロセス、過程でいかに使用者が責任をはたしたかの問題となります。