登記上の法人住所と実際の違いについて

一般企業では珍しいケースではありませんが(ただし会社備置書類等の義務は生じます)学校法人の届出要件の校地校舎の移転に当たらないことなどの確認を念のため管轄行政に取っておかれた方が良いのではないでしょうか。

泉つかさ法律事務所様
早速にご教示を賜りありがとうございます。やはり所轄庁（文部科学省）に確かめるのが一番ですね。しかし、「いいですか？」と聞かれて、「いいです」とは言いにくいでしょうね。悩むところです。

そうでもないんじゃないですか。
すでに校地校舎があるようですから、敢えて必要がなければ届出は求めないでしょうし、必要があるのにそれを放置していて、後になって指摘されるような事態を招くよりはずっと良いと思います。

面倒に感じるのは一時的なもの。長い間、これで良いんだろうか？と不安が続くよりは良いと思いますよ。