定年退職の方の年末調整他

そもそも乙欄の方は年末調整の対象外ですから年末調整はありません。仮に甲欄であっても途中退職の場合は年末調整はできません。

源泉徴収票には(1)退職までの給与支払額、(2)給与から徴収した社会保険料の合計額、(3)給与から徴収した源泉税の合計額、(4）乙欄に〇印を入れる、(5)退職年月日、(6)生年月日を記入するだけです。
※乙欄なので「年調未済」も記載する必要はありません（もともと年末調整の対象外なので）。

源泉徴収票の受給者交付用は遅くとも退職から1ヶ月以内に本人にお渡しください。税務署提出用は提出しなければならない基準をご確認のうえ、要提出であれば翌年1月末日提出の法定調書に添付して提出です。一般社員と役員では提出基準が異なりますのでご注意ください。市町村提出用（2枚）は翌年1月末日までに給与支払報告書（総括票）とともに提出しなければなりません。

もうひとつ重要な書類があります。市町村役場に提出する「住民税の特別徴収にかかる異動届出書」です。この届出書を提出しないと市町村役場は退職者があなたの会社を退職したことを把握できませんから、来年6月からの住民税の特別徴収に関する決定通知書が会社に届くことになってしまいます。この書類は退職者が従来住民税の特別徴収を行っていない場合でも提出してください。

社会保険の資格喪失届は退職日の翌日から5日以内に手続きを行う必要があります。その際は健康保険証（本人および被扶養者分）の回収が必要になります。退職日に必ず返却してもらってください（退職日までは保険証が使用可能ですのであまり早く回収をすると面倒なことになります）。加盟の健保組合もしくは協会けんぽで手続きについて事前に確認しておくことをお勧めします。
※本人が会社を持っているのに貴社で社会保険に加入しているのでしょうか？

>今回のケースは特殊なので、

特に特殊なケースとは思えませんが・・・・

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>1月末日提出の法定調書とは「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」のことですか？

その通りです。

>役員報酬の場合は150万以上ということでしょうか？

はっきりとした記憶がないのですが150万円だったか50万円だったか・・・
もうすぐ税務署から今年の年末調整関係の書類が送られてくると思います。その中に税務署への提出基準が記載されています。ご確認ください。注意事項としては役員であること、扶養控除申告書を提出していない（乙欄）であることで基準を見ること（一般社員であること、甲欄課税で年末調整をした人、年末調整をしていない人等によって基準が異なります）が重要です。

会社を持っている人がなぜ貴社の社会保険に加入しているのかの疑問についてはこれ以上詮索しませんが、給与担当者として社会保険の制度については確認しておく必要がありそうです。もちろん複数の会社で加入し、保険料を按分する制度はあります。

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