社会保険加入と源泉所得税の納付について

所得税、法人税、社会保険（健康保険、厚生年金）はそれぞれ別の法律になっていますので、別々に考えなければいけません。連動もしていません。

まず、源泉所得税の納付通知が届いたようですが、会社設立時の各届において、税務署に、給与等の支払い者の届け出を出していませんか？納期特例の届けなども出していませんか？
また、税理士等に設立手数料などを払って源泉所得税の納付が発生していませんか？請求書等があれば、ご確認ください。
税理士等の個人事務所に報酬等を支払った場合は、支払った事業主（会社）が報酬から源泉所得税を徴収して、税務署に納付しなければいけません。役員報酬についても同様です。
給与及び税理士等の報酬にかかる源泉税をあわせて納付してください。納期特例の場合、期限は１月２０日までだったでしょうか？
なお、全く支払いがない場合でもすべての欄にゼロを記入し０納付（ゼロのうふ）を税務署に提出しておかなければいけません。源泉所得税の納付とあなたの所得による被扶養者判断は大きく異なりますので、これを提出したからといって被扶養者を外されることはありませんし、連動もしていません。
不明点は税務署にてご確認ください。なお、税務署で健康保険の被扶養者の件を問い合わせても回答は得られませんので、ご注意ください。

個人の所得が０円なのと、法人の所得が０円であるのとは別です。法人格がある以上、法人も一つの人格を有していますので、個人、法人それぞれの所得で判断してください。

個人の所得・・・会社より給与（役員報酬）を得ていなくて、それ以外の収入もないのであれば、所得は０円ですので、ご主人の扶養に入ることはできます。給与を得ていない証明などが必要かもしれませんが、ご主人の会社にて必要書類を確認してください。なお、会社役員だからといって、被扶養者にはなれないという条文はありません。収入等の基準にさえ該当すれば当然に被扶養者になれます。もちろん今後、役員報酬等であなたが収入を得ることがあれば、収入基準に応じて、被扶養者を外れなければいけません。健康保険法上の被扶養者の収入基準は１３０万円以下となりますので、ご注意ください。
役員報酬が払えるようになった場合は、その時から社会保険の強制適用事業所となります。年金事務所等に届出が必要となります。年金事務所等にご相談ください。

法人の所得が０円だからといって、法人の確定申告をしなくてよいわけではありません。赤字申告でも県民税、市民税等の均等割りの支払義務もあります。必ず申告はしてください。
法人所得は、あくまでも法人であって、あなたの収入でも所得でもありません。先にも書きましたが法人と個人は別物です。
会社の所得（納税）が増えたとしても、あなた自身の報酬等が増えない限り、被扶養者ではいられますが、それでは会社を設立した意味がないとも思えますが、
会社の収入とあなたの収入の均一がとれるよう、節税の意味も込めてご検討ください。