まず、就業規則の制定は1企業に1つでなく、事業場が複数なら本社、営業所ごとに制定する必要があります(ただし10人未満の事業場では制定義務はありません)。
異動があったたびに、待遇が違うとどうするのかその調整規定をさけるために、企業共通の就業規則とする場合が多いですが、それでも制定義務は事業場ごとです。
一方、業務、業態ごとに始業終業時刻、年間所定勤務日数が違うのにするには、すでに全社共通であるなら、相違するように変更する合理性、不利益を被る職種にたいして代替性をもけるなりして、労働契約法の手順にしたがい、就業規則を変更する必要があります。