給与過払いと確定申告について

> こちらに相談してもいい内容でなかったらすみません。先日上司を通して給与の過払いがあったので返還して欲しいという旨の説明がありました。
> 当時所属していた支店への『交通費』が、5年前会社が吸収合併される際に何故か『基本給』という名前にかわり、自分だけ5年間支給されていたというものです。
> 自分自身も給与明細に『基本給』と記載されていたため、まさかそれが間違いだとは気づきませんでした。
> 具体的な金額は20,000円/月×5年分になります。
> 法的に返還義務が生じることなどは自身で調べて、ある程度は納得しています。
> ですが確定申告に誤りがあったことになるので、所得税や住民税、社会保険料なども過払いになりますよね？
> 税務署のHPにて、修正の届け出も出来ることは確認したのですが期限は1年と記載がありました。
> 私としては、期限切れで申請しても戻ってこない過払い金を差し引いた分のみの返還をしたいと考えています。また可能な限り、税金関係の修正手続きは会社の方でやってもらいたいのですが、交渉してもいいと思いますか？
> 返還に関しては『こちらのミスなので出来る時にできる範囲でいい』と言われています。

平成23年の税制改正で、制度に変更があったようで、経過の救済措置もあるようですから、国税庁のサイトを今一度ごらんいただいた方がよいと思います。
https://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2026.htm

> こちらに相談してもいい内容でなかったらすみません。先日上司を通して給与の過払いがあったので返還して欲しいという旨の説明がありました。
> 当時所属していた支店への『交通費』が、5年前会社が吸収合併される際に何故か『基本給』という名前にかわり、自分だけ5年間支給されていたというものです。
> 自分自身も給与明細に『基本給』と記載されていたため、まさかそれが間違いだとは気づきませんでした。
> 具体的な金額は20,000円/月×5年分になります。
> 法的に返還義務が生じることなどは自身で調べて、ある程度は納得しています。
> ですが確定申告に誤りがあったことになるので、所得税や住民税、社会保険料なども過払いになりますよね？
> 税務署のHPにて、修正の届け出も出来ることは確認したのですが期限は1年と記載がありました。
> 私としては、期限切れで申請しても戻ってこない過払い金を差し引いた分のみの返還をしたいと考えています。また可能な限り、税金関係の修正手続きは会社の方でやってもらいたいのですが、交渉してもいいと思いますか？
> 返還に関しては『こちらのミスなので出来る時にできる範囲でいい』と言われています。

平成23年の税制改正で、制度に変更があったようで、経過の救済措置もあるようですから、国税庁のサイトを今一度ごらんいただいた方がよいと思います。
https://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2026.htm

> ですが確定申告に誤りがあったことになるので、所得税や住民税、社会保険料なども過払いになりますよね？


なりますね。
所得税の還付のための確定申告は５年となっています。
社会保険（健康保険、厚生年金）、雇用保険は、さかのぼることができるのが２年となっています。

ただし、給与の過払いの返金は１０年（会計法適用だったと思いますが）、天引きされた保険料の過払分の返金も１０年遡れることになっています。

実際の返金額、健康保険料等の法定控除部分の変更した場合の差額を計算してもらってください。
その上で、官公庁がそれぞれどこまで対応してくれるのか再確認してもらい、あなたが出来る範囲で交渉をしてみてはいかがでしょう。

会社側へ返すものばかり言われても、本来であれば、支払わなくて良いものまで給与天引きされてしまっているのですから、その点はしっかりと計算してもらいましょう。

会社のミスと認めているので、会社側にも出来る範囲でやってもらうことは可能だと思います。
確定申告は会社ではできません。年末調整のやり直しということになるでしょう。