退職者の新株予約権の処理方法

ストック・オプションにするための行使条件はどのように設定されているでしょうか、まずはそこが問題なんですが。

税制適格ストック・オプションにするための行使条件とは別に、以下のような行使条件が付されていることが一般的です。

◎新株予約権発行時において当社の取締役、監査役または従業員であったものは、新株予約権の行使時においても、当社、当社子会社または関係会社の取締役、監査役または従業員であることを要する。ただし、任期満了による退任、定年退職その他正当な理由のある場合として当社の取締役会が認めた場合はこの限りではない。

もし契約書等に上記条件がなければ、退職と同時に失効します。

概ね契約書には。
乙（従業員）が甲の取締役または従業員でなくなったとき。但し、甲の取締役会において、特に認めた場合は、この限りではない。

となっている場合が多いと思いますが。

ありがとうございます。

仰るとおりの文言が入っています。
ただし、失効した新株予約権を会社が無償取得できる旨の記載が無いので、その新株予約権は消滅すると考えています。
従って、会計上も消却し、登記も変更し、原簿からも抹消するのが適切だと思っています。

その認識で間違いないでしょうか？

詳しく述べますと長文いなりますので　ご参考資料（Hｐ）添付しておきます
なを。ご不明な点は公認会計士、司法書士等へのお問い合わせが賢明と思います。
下記、Hp内＞２．新株予約権の消滅
詳しく説明されています

フォーサイト総合法律事務所Hp＞司法書士 大越一毅
（第24回）[商業登記編]～新株予約権を発行している会社が注意すべきこと～
http://www.foresight-law.gr.jp/column_qa/backnumber/130501.html