就業規則は、会社が100あれば、100通りの就業規則があります。
よって、その条文だけを読んで、理解できる他社の人はいないと思われます。
どこからか引用して作ったものであっても、御社の規定は、御社のみ規定です。
私見では。
1職員扶養家族(所得税法上)が、健康保険の被扶養者に該当する場合は、健康保険でマイナンバーを使うことを通知するため手段を何かしらの方法で定めるという感じだと思います。
2別途定めるのですから、規定を作成することになると思います。。。社内取扱規程や公表用の文書だと思います。
就業規則を作成した責任者等に、確認してみてください。