通勤費非課税上限額の引き上げ対応について

こちらをよくお読みください。
国税庁ＨＰ（通勤手当の非課税限度額の引上げ）
http://www.nta.go.jp/gensen/tsukin/pdf/01.pdf

> ①法改正への対応が遅れ、7月給与以降、10万を超えた分の非課税額の適用をしようと考えている場合、
> 2016/4月の給与支給後退職し、4月時点で随時年調により年末調整をした社員がおり（再就職はせず、還付までしたと仮定して）、その社員に対して、法改正後の非課税分の精算が発生しているときは、退職した社員が自分で確定申告をするのでしょうか？

まず「随時年調」という言葉を聞いたことがありません。
年の途中で年末調整できるのは、１．死亡退職者、２．その年の最後の給与支給日前に退職した人でその年のうちにどこからも給与の支給を受けないことが明らかな人、のみです。

２の場合、通常は11月下旬～12月に入ってから退職した方で年内に再就職する見込みがない方が対象になるのだと思います。4月時点で退職した方で再就職の見込みがないからといって年末調整してよいのかどうか疑問です。

年の途中で退職した方で年末調整対象外となる方（再就職されない方もしくは再就職で乙欄適用となる方など）のうち、非課税通勤費変更の対象となる方はご自身で確定申告を行うことになりますが、源泉徴収票の支給額が変更となります（※）から貴社において源泉徴収票の再発行が必要です。

※源泉徴収簿の課税対象支給額を1月に遡って訂正することが必要です。たとえば通勤費12万円のうち非課税額10万円、課税対象額2万円だったとしますと、今までの源泉徴収簿の支給額は課税対象通勤費2万円が含まれていたはずですが、1月以降は2万円が含まれなくなります。そのために源泉徴収簿を訂正して、その訂正された支給額で源泉徴収票を交付しなおさなければなりません。

> ②また①に関連して、4月給与支給後退職し、再就職した社員は、再就職先の会社の年末調整で非課税額の精算をするのでしょうか？

先ほどの回答と同じで、支給額を訂正した源泉徴収票の再交付を行わなければなりません。


> ③上限額は、法改正前の10万円の場合で、
> 単月の通勤費支給が、99,000円の電車通勤費があり、マイカーの通勤費が10,000円の支給があり、片道5kmの場合（普通に計算すると、非課税額：4,100 課税額：5,900）
> トータルの課税、非課税の金額は、
> 非課税額：10万円
> 課税額：9,000
> になるのでしょうか？

その通りですが、マイカー通勤の5kmの非課税額は4,200円ではありませんか？
そして今年の1月以降は非課税額103,200円、課税通勤費5,800円となります。

丁寧なご回答ありがとうございます。
勉強になりました。
随時年調、という言葉は、使用している給与パッケージでの用語になります。
それが一般的でないことがわかりました。。失礼しました。

マイカーの非課税限度額についても、4200が正しいです。
ご指摘ありがとうございます。
今後ともよろしくお願いいたします。