> 従業員の就労証明書を記入していますが、その中で、就労日数を記入する欄があります。
> 該当月に、日曜日に出勤し、出勤から退勤まですべて残業対応とした日があります。
> この日は、就労日としてカウントするのでしょうか?
その証明書がどのような事実を求めているかによると考えます。
経験としても就労実績日数の証明を求められたり、所定就労日数を求められたこともあります。
就労実績の場合、休日出勤、祝日出勤、年末年始出勤など、所定就労日数以外が入ることがままあります。結果として、所定収入を上回る収入の原因になっていることもありますから。