給与システム入替時のマイナンバー取扱い

①　少し質問全体が他人には分かりにくくなっています。
　　まず、いないさんはＡ会社の給与計算担当者ですか。それともＡ社に勤務する役職員ですか。
　　どちらの立場で質問されているのでしょうか。それをお聞かせ下さい。

②　一応ここでは、いないさんはＡ会社の給与計算担当者であると仮定して考察します。　

②　「システム入替に伴いデータを全て渡して一旦会社へ持って帰ってもら」うという意味は、データをどこの会社へ渡すのですか。

③　一般的に、ＰＣで給与計算をする場合は、法令変更やシステム提供業者のバージョンアップなどのため、システム入れ替えor一部修正などをすることがあります。
　　この場合は、そのシステムを継続使用しながら、システム提供業者が指定したタイミングで、システム入れ替えor一部修正などをします。
　　このタイミングを間違えると、計算結果が不正になることがあります。
　　しかし、システム提供業者にデータ全部を渡す必要はありません。

④　データ全部を渡すと、その後どのようにその業者がデータを閲覧や利用（他社への配布など）するか不明です。信頼する以外ありません。
　　マイナンバーだけで無く、過去の給与データと付随する、住所・生年月日・性別・家族関係など、氏名に紐つけされた個人情報が全部見られます。個人情報保護法の上から重大な懸念を生じます。

⑤　もちろん「秘密保持契約」を締結することは必須です。

⑥　またマイナンバーは、給与支払者にその保持義務を課しています。
　　データを渡しても、別途、マイナンバーを保持しておく必要があります。万一その業者がマイナンバーを削除等をしても復活できるようにするためです。