所得税の遡求還付について

おはようございます。

> 過去2年(2017年と2018年)に渡って、所得税の誤りがあったことが発覚しました。
> 非課税とするべき項目が、給与システムの設定ミスで課税扱いされていました。
> 総支給額は間違っていませんが、所得税を納めすぎていることになります。
> 対象者には徴収しすぎた所得税を返さないといけません。下記のような手続きが必要だと思いますが、他に必要なことはありますでしょうか。
> ちなみに2019年は、間違えていた項目の給与支給がまだ無かったので、調整不要でした。
>
> 【手続き】
> ・年末調整計算をやり直す
> ・正しい源泉徴収票を本人と税務署、給与支払報告書を市区町村役場へ
> ・法定調書合計表を修正して税務署へ
> ・会社から税務署に全員分合算して還付請求
> ・所得税差額を本人に返す
>
> 【疑問点】
> ・給与支払報告書を提出すると、後は役所で住民税計算が行われ、還付か直近の住民税で調整されるということで大丈夫なのか(会社は報告書提出のみ)

再年調で各役所に相応の手続きをされた場合はそうなりますので該当者には住民税も減額変更になる可能性があること、その分については役所が調整した新たな住民税額になることを説明されればいいでしょう。
再年調後の還付金ですから
還付請求はせずとも納付時相殺で還付出来るはずです。
返金時は明細書住民税以降の控除項目でマイナス処理で返金可能です。
単に手取を増やすだけの処理になります。
今年の源泉に影響させないようにしてください。

> ・既に退職している人の場合、本人に確定申告してもらうか会社から差額を振り込むか選択してもらって良いか(本人が確定申告する場合、その人の分の還付請求は行わない)

退職者は退職時期にもよると思いますが年調済みで退職であれば差額分の返金と源泉票の再発行でしょう。
中途退職者で税額変更がある場合は過徴収分の返金と源泉票の発行と確定申告のお願でしょうか。
退職者については税務署に確認されるといいでしょう。
気になるのは総支給額に変更が無い…源泉票に変更がないのであれば税額に影響は出ないと思うのですが…
総支給に変更は無いが課税総支給額…一般的な税込収入…に変更があるのであれば再年調ですね。
とりあえず。

> 過去2年(2017年と2018年)に渡って、所得税の誤りがあったことが発覚しました。
> 非課税とするべき項目が、給与システムの設定ミスで課税扱いされていました。
> 総支給額は間違っていませんが、所得税を納めすぎていることになります。
> 対象者には徴収しすぎた所得税を返さないといけません。下記のような手続きが必要だと思いますが、他に必要なことはありますでしょうか。
> ちなみに2019年は、間違えていた項目の給与支給がまだ無かったので、調整不要でした。
>
> 【手続き】
> ・年末調整計算をやり直す
> ・正しい源泉徴収票を本人と税務署、給与支払報告書を市区町村役場へ
> ・法定調書合計表を修正して税務署へ
> ・会社から税務署に全員分合算して還付請求
> ・所得税差額を本人に返す
>
> 【疑問点】
> ・給与支払報告書を提出すると、後は役所で住民税計算が行われ、還付か直近の住民税で調整されるということで大丈夫なのか(会社は報告書提出のみ)
> ・既に退職している人の場合、本人に確定申告してもらうか会社から差額を振り込むか選択してもらって良いか(本人が確定申告する場合、その人の分の還付請求は行わない)
>
> 宜しくお願い致します。

弊社で以前にあったことですが、扶養控除是正の通知というのが来たことがあります。
要は、配偶者（特別）控除や、扶養控除の要件を満たしていない人がいるようなので、過去３年にわたって調べてください、というものです。

で、過去３年にわたって調べた結果、過去１年は間違えてたので追納になったが、そのほかの年分は逆に扶養控除対象なのにいれるのを忘れていたので、還付になるという従業員がいました。

これを税務署の方にどうすればいいのか、と訊いた結果、追納年分については今回の是正通知により処理できますが、還付の方は本人に確定申告してもらわないと返せません、との事でした。

もしかしたら、これと同じで、従業員さん本人に確定申告せよ、という指導になるかもしれません・・・
お早めに税務署にご相談を。