国や自治体との業務委託契約の印紙

こんにちは。

これは法律に従った結果としかいえないですね。

国等と締結した請負契約書（国税庁ホームページ）
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/inshi/12/05.htm

貴社が預かっているのは、国や地方公共団体の作成した文書になります（印紙税法 第4条）。この文書は非課税です（印紙税法 第5条）。
国や地方公共団体が預かっているのは、貴社が作成した文書になります（印紙税法 第4条）。貴社の作成した文書は非課税に該当しないです。


> 契約書2通ともに印紙を貼付しなければならず

上記から、貴社が保管する分には非課税になります。



> 国や自治体などとの業務委託契約の場合、民間の法人のみ印紙貼付が必要なのは言わずもがなです。
> しかし、甲乙2通契約書を作成し、印紙を貼った契約書を国や地方自治体が控えとすることに疑問を感じます。
> 仮にこちらに税務署から監査が入った場合、指摘されることは無いのでしょうか。
> そもそも国や地方自治体に印紙不要であることが法律で定められているのですから、民間法人で印紙を貼った契約書は民間の法人が控えておくべきではありせんか。
> もし、印紙が貼ってない事を指摘されるのであれば3倍費用が掛かってしまいます。あるいは、貼付済みの契約書の保管が必要であれば、契約書2通ともに印紙を貼付しなければならず、2倍の費用負担がかかる事に不公平感を感じます。
> 一体何の根拠があって印紙貼った契約書を国や地方自治体が控えとして保管するのでしょうか。

印紙については難解なところがあります。また契約先が官公庁、民間、個人の誰であっても、また金額が幾らであっても印紙が不要の委任契約の場合もあります。但し、委任契約かどうかの判断は、契約書と契約内容の具体的事項が記載した書類(例えば仕様書)を持って、税務署にご相談されるのが宜しいかと思います。場合によりそこの税務署で判断しきれない契約書に関しては、その地域の拠点である税務署に送られて確認される事例も多々あります。なお、委任契約に関しては、最近でも少し事例がNETで出る程度であまり浸透していません。そのため顧客のご担当者に説明される際には、ご納得いただくまで時間を要する場合もあることにご留意ください。
この度の直接のご質問の意図とは異なるかもしれませんが、ご参考になれば幸甚です。