商取引約定書における連帯保証人の解除について

ご質問の内容について、
「契約自体は継続して、基本的な内容は維持しつつB社の連帯保証を外すことになる」
と理解して回答します。

結論としては、変更契約書をA社・B社・貴社の3社で取り交わすことが合理的です。
手間や注意点については以下をご参照下さい。

新契約を取り交わす場合：
B社を外した契約書をA社と貴社で再度締結する場合はB社が連帯保証をしている既存契約を「解約して差し替える」必要も生じます。
この場合に、A社と貴社の2社間で新契約を取り交わし、新契約書の条項として現契約（旧契約）を解除する旨を条文に含めても、連帯保証しているB社には書類が残らないので不適切です。結果として、一旦A社・B社・貴社で取り交わしている現契約を「合意解約」して、同時にA社と貴社で新契約を締結することになります。

変更契約書を取り交わす場合：
今回の件が取引内容の根幹にかかわる重要事項の変更ではないことが前提です。そこが変わってくる場合は変更では済まないとご理解下さい。
変更契約書の当事者はA社・B社そして貴社の3社で、「1．〇年〇月〇日をもって第〇項〇条にて規定したB社の連帯保証を解除し、以降はB社の本契約に関する当事者ならびに関係者としての一切の立場は消滅するものとする。2．本変更契約書１条以外については原契約の内容に一切の変更はないものとする。」という内容になります。（変更契約書のタイトルでどの契約書に対する変更契約書であるか明確にする必要があります）

ひな形はネットで探すと色々出てきますので、「変更契約書　ひな形」などの検索ワードで探してみてください。

1点注意することがあります。
変更契約書も「契約書」なので印紙が必要となる場合があります。
「債務の保証に関する契約書」となると200円の印紙が必要となります。