休業者の給料の仕訳

他の人が見たときにもう少しわかるような書き方をされた方が回答がしやすいです。あと、この手の内容は税務経理カテゴリのほうがよろしいでしょう。

以下、回答です。
普段はどのように仕訳をしていらっしゃるのでしょう。
基本はそれと大きく変わりません。

一例です。

休業者の方の給与関係
・給料　0
・社会保険料本人負担分　1,000
・住民税　　　　　　　　　200

この人単体で見ると、給与支払い時は以下のような仕訳になります。
立替金（もしくは未収金）　1,200 / 社会保険料預り金 1,000
　　　　　　　 　　　　　　　　　/ 住民税預り金　　　 200

本人から振り込みがあれば、
普通預金　1,200 / 立替金（もしくは未収金）　1,200
これで終わりです。

これを他の人の分と合わせるだけです。
休業者の方を含む全体を以下の金額とします。
・給料　　　　　　　　500,000
・社会保険料本人負担　　50,000
・住民税　　　　　　　　25,000
・所得税　　　　　　　　25,000

給料　500,000 / 普通預金　　　　 401,200
立替金　 1,200 / 社会保険料預り金　50,000
　　　　　　　 / 住民税預り金　　　25,000
　　　　　　　 / 源泉所得税預り金　25,000

休業者の社会保険料等を含んだ天引き額が計100,000なのですから、休業者以外の人の天引き額は98,800となります。休業者の天引き分は引くことができません。
すると、手取り額（＝会社預金減少分）は、500,000-98,800＝401,200となります。
休業者の分は別途本人から徴収しなければならないので、立替金とします。

あとは通常の社会保険料等を納入する仕訳と変わりません。