離職票の記入について

こんにちは

まず、（言葉尻をとらえるようですみませんが）離職証明書の作成において、“賃金計算”という工程はありません。
すでに確定している賃金台帳や出勤簿からの正確な転記が証明書作成の主たる作業です。
離職票の交付申請には賃金台帳や出勤簿を添付するわけですから、証明書と一致していなければなりません。
自社の規定にそって賃金が算出され確定しているということであれば、そのまま転記すればよいのです。
（欠勤日数が多い場合に欠勤控除で給与がマイナスになる問題についてはここでは触れません）
ただし、御社の賃金台帳や給与明細書で“当月の賃金支払対象期間における欠勤控除額”と“本来過去の月において精算すべきであった欠勤控除額”が区別されずに合計表示されているのであれば、内訳を確認しなければなりません。
離職証明書に記入する賃金は、税や社会保険料を控除する前の総支給額であることはご存知だと思いますが、過去月の欠勤控除額もこれらと同様で、当月の総支給額には影響しない支払調整額だと考えればよいと思います。
つまり、3月分賃金としては11月分控除前の数字を記入すればよいと思います。

ついでに、お節介かもしれませんが
賃金の締日を表現するときは、○日締／当・翌月 ○日支払 という表現を用います
御社の場合、末日締の翌月25日支払　ということですね。
支払いが翌月であれば、残業代支払や欠勤控除も当然翌月以降になります。
一般的に欠勤について翌月控除という表現は、基本給と 残業代・欠勤控除がひと月ずれる時に使う表現なので誤解を招きます。