同事業所で異なる就業規則の設定は可能でしょうか？

1か月単位の変形労働時間制を適用しながら、
労働日数を、業務または職種で変えるという事でしょうか？

できますよ。。
ただ、労働日数が増える分に対しては、労働時間も増えますので賃金の見直しも必要になると思われます。
あとは、お考えの通り、
ただ、就業規則変更前に、従業員との面談で拒否されたときはどうするかも検討しておいたほうがよいでしょう。

> こんにちは。
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> 弊社では、1ヶ月変形労働時間制度を導入していて年間115日の公休がありますが、どうしても営業上で1部署だけ115日の公休より少ない104日になってしまいます。
> 1ヶ月の労働時間は満たしているのですが、他部署ですと公休日が月10日のところ、この部署では月８から10日になります（水曜と木曜日が定休）。
> 現状は115日にして貰っていますが、残業が多く出てしまっています。
> 115日から特例の104日に変更すると、月に働く時間数は他の社員と同じだが、公休数が少なくなります。公平性の問題も生じると思いますが、この部署の為に新たにルールを設定し、該当するルール部分を従業員ハンドブックにも反映し、労基署に提出。そして労使協定を結んで、該当する各従業員と面談をし、新しい契約書にサインをして貰う流れで対応可能でしょうか？
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> 色々とご教示いただけますと幸いです。
> どうぞ宜しくお願い致します。
>

私見です。
ﾕｷﾝｺｸﾗﾌﾞ様のおっしゃるように、可能かどうかということであれば可能でしょう。
ただ、種々の問題があると思います。

例えば、総労働時間が増えると時間当り賃金が下がってしまいます。（賃金額が同一ならですが。）

また、今の人たちは納得したとして、今後人を採用する場合にその部署の条件だけ悪く見えてしまいます。
すると、その部署に行く人がいなくなってしまわないでしょうか。
部署異動でも同じことが言えます。

目先だけでなく、今後の人の異動も含めて考える必要があると思います。