社用車が任意保険未加入の場合の修理代の経費処理について

社用車が任意保険に入っていないということはありえます。
社用車を多く保有するような会社であれば、保険をかけるよりもその分を事業に回すほうが効率的です。
そもそも保険制度は、少ない頻度で発生する高額な支払を大勢でカバーするものですから、自社内でカバーできるなら、保険加入の必要はないわけです。

ただ、修理代等を従業員の自己負担、というのは話が違います。
業務上の使用で発生した修理代等は会社が負担すべきでしょう。
なんでもかんでも本人に負担させるのは、法令上問題があると思います。

任意保険に入らない場合の事故が経費で落とせない、というのは寡聞にして聞いたことがありません。
事業をするうえで必要な支出ですから、経費で落とせない根拠が見当たりません。
仮に損金否認されたら、私なら争いますね。