フレックスタイム制と育児時短就業給付金の両立について

> 弊社は、時短勤務者について所定労働時間を変えず、時短した分を給与から（欠勤として）控除する取り扱いにしているため、育児時短就業給付金は対象外であると認識しています。
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> しかしながら、時短勤務者より、給付金の対象となるために制度を変えることはできないかと問われています。
> そこで以下質問です。
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> ①フレックスタイム制と育児時短就業給付金を両立するためには、当事者の申請をもとにあらかじめ時短勤務を前提とした所定労働時間とそれに応じた月額賃金を設定し、実際にそれより多く働いた場合にはその分プラスで賃金を払う（残業割増はなし）という取り扱いでよいのでしょうか？
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> ②上記取り扱いとした場合、これまでの欠勤控除による取り扱いと比べ、本人が受け取る給与の額に差異は発生しませんが、運用が煩雑になる以外に何かデメリットはあるのでしょうか？
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> ③運用が煩雑になることを理由に、給付金の申請を拒むこと（対象外であり続けること）は問題なのでしょうか。

こんにちは

ご質問の焦点をつかみきれなかったのですが、まずこちらパンフ

https://www.mhlw.go.jp/content/11600000/001395073.pdf
３（４）ページ
Point！と題したコラムを参照ください。

フレックス、月間（清算期間）の総所定労働時間を短縮するなら育児時短扱い、おかきのような変更せず欠勤控除ですます場合は、対象としないとあり、ご認識のとおりです。

１）そうなります。

２）質問者さんサイドのシステム構築等に依存するのであれば、それなりの改変コストということになるでしょうか。

３）形式的には、時短を認めないとする労使協定締結（客観的に時短導入にそぐわない業態であることの労使間の確認）、時短にかわる代替措置設定を要するでしょう。お書きの事情だけでは、時短制度設定免除とはならないでしょう。

https://www.mhlw.go.jp/content/11909000/000355376.pdf
１１７（１９）ページ参照