非居住者所得税について

> 初めて質問させていただきます。
>
> 1年以上海外赴任している従業員で、昨年度1年間の所得税がマイナスになってしまいました。
> 何故、ゼロではなくマイナスになっているのか教えてください。
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> 例) 総支給額 約60万円
> 非居住者所得税 約－4万円
>
>
> よろしくお願いいたします。

所得税がマイナスになるケースは、非居住者の所得税計算において、源泉徴収された税額が還付される状況が主な原因です。
1. 非居住者の所得税計算の仕組み
日本で非居住者（1年以上海外赴任中の従業員など）が日本国内で所得を得た場合、その所得に対して源泉徴収（通常20.42％、復興特別所得税含む）が課されます。ただし、以下の要因により、実際の税額が源泉徴収額を下回り、還付（マイナス）となることがあります。
- 所得控除や税額控除の適用：非居住者でも、給与所得控除や特定の税額控除（例：外国税額控除）が適用される場合があります。これにより、課税対象となる所得が減少し、源泉徴収された税額が過大となることがあります。
- 租税条約の適用：日本と赴任先の国との間に租税条約がある場合、特定の所得が日本で非課税または軽減税率となることがあります。この場合、源泉徴収された税額が過剰となり、還付が発生します。
2. 具体例の分析
ご提供の例（総支給額60万円、非居住者所得税－4万円）に基づいて推測すると、以下のシナリオが考えられます：
- 源泉徴収の実施：総支給額60万円に対し、20.42％の源泉徴収（約12.25万円）が最初に行われた。
- 還付の発生：
- 給与所得控除：給与所得控除（最低55万円）が適用され、課税所得が60万円－55万円＝5万円となる。5万円に対する所得税は非常に少額（5％税率で約0.25万円）。
- 租税条約：赴任先国との租税条約により、日本での課税が免除または軽減され、税額がゼロまたはごく少額になる。
- 外国税額控除：赴任先国で納めた税金がある場合、外国税額控除が適用され、日本での税額がさらに減額。
- 結果：源泉徴収額（12.25万円）が実際の税額（例えば0円～数千円）を上回り、差額が還付される。これにより所得税が「マイナス」（還付額約4万円）として計上される。
3. マイナス表示の理由
所得税が「マイナス」と表示されるのは、以下のいずれかのケースです：
- 源泉徴収の過剰：給与支払時に源泉徴収された税額が、確定申告や年末調整で計算された正しい税額を上回ったため、還付金が発生。
- 確定申告による還付：非居住者が確定申告を行い、租税条約や控除を適用した結果、還付金が確定。
- 会計処理上の表示：還付金がマイナスとして帳簿に記録された（例：－4万円は還付された金額を表す）。
4. 考えられる具体的原因
- 租税条約の適用漏れ：給与支払時に租税条約に基づく非課税・軽減税率が適用されず、20.42％で源泉徴収されたが、確定申告で条約を適用した。
- 給与所得控除の影響：60万円の給与に対し、給与所得控除（55万円）が適用され、課税所得が極めて少額またはゼロになった。
- 外国税額控除：赴任先国で納税した分を日本で控除した結果、税額がマイナスに。
5. 確認すべきポイント
- 源泉徴収票：源泉徴収された金額と還付額を確認。
- 確定申告書：租税条約や控除の適用状況を確認。
- 租税条約：赴任先国と日本の租税条約の内容を確認（例：給与所得の課税権が赴任先国にある場合、日本での課税が免除される）。
- 給与明細：総支給額や源泉徴収額の内訳を確認。
結論
所得税がマイナス（－4万円）になったのは、源泉徴収された税額が、給与所得控除、租税条約、または外国税額控除の適用により、実際の税額を上回ったため、還付が発生した結果です。具体的な原因は、確定申告書や源泉徴収票、租税条約の適用状況を確認することで明確になります。

年間の所得税が0になりこそすれ、マイナスになることは通常考えられません。

ただ、昨年は定額減税がありました。
システム上、定額減税分がマイナス表記となっている可能性はあります。

また、気になるのは、海外赴任の方なのに（多少のフェイクはあれど）60万円ということです。その辺のパートタイマーよりも少ないというのは通常考えられません。

そのあたりの入力についても確認が必要でしょう。

なぜマイナスなのかというのは貴社のシステムをご確認いただくほかありません。