こんにちは。
登記上の本店所在地と営業上、本社機能を有している場所が違うことは、結構あります。
別にうさんくさい、というわけではなく、登記上の本店は元々創業した場所で、今は本社機能を別の場所に移してしまっている、とか、本社所在地を本店として登記しないでくれと貸主から言われている場合もあるときいたことがあります。
源泉徴収票の支払者の欄も、別に登記上の本店を必ず記載しなさい、というルールがあるわけではなかったと思います(今手元に手引書がないのでどこにどのように書いてある、という根拠を引っ張り出せないのですが)。
ご参考まで。