ご質問の意は多分、経営の悪化などで賃金カットが行われたり、手当が廃止されたりする時に、この制限(1日については平均賃金の半額を超えることと、1賃金支払期間で10パーセントを超える減給)は効かないのか、ということだと思われますが、
上記労働基準法第91条(減給の制裁の制限)でいう減給とは、
就業規則に定められている服務規律や利益侵害に対する制裁として懲戒処分が行われる場合(その処分程度には懲戒解雇、諭旨解雇、出勤停止、減給、戒告、訓告などが一般的にはあります)に、この懲戒における減給のことを言っています。
違う意味でのご質問でしたらごめんなさい。