職務背任行為が疑われる場合の処置

お話から拝見しますと、職務権限履行条項の背任罪に関するとも思います。
リース物権の細部確認を求め、それに応じた損害賠償の請求を為すことも必要でしょう。
企業としては必要なる人材といえどもそれに応じた損失に関しての請求権の行使は可能と思います。
やはり、第三者（弁護士）を間に立てて決断を図ることが必要でしょう。

職務権限規定での履行条件を求めておくことも必要とおもいます。

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> 所長以下スタッフ15名ほどの地方支所です。先般、代理店の納品明細書に記載されているリース中の機器類が数点紛失していることが分かりました。その総額は100万円以上です。この明細書は、今回依頼して初めて提出されたもので、手元の契約書には「PC,ｿﾌﾄ、他」というような記載でした。会社のチェックの甘さも問題ですが、この全てを一任され、長年代理店との折衝・リース契約を担当してきたのは担当者1名であり、本人の流用、または代理店との癒着・工作を疑わざるをえません。（本人弁は、「壊れていたので、放置していたらなくなった」と）会社としては、通常どのような処置をとるべきなのでしょうか。経理上の処理については、別途ご相談をかけているのですが、総務としての対処に悩んでいます。彼は現在大きなプロジェクトの担当者でもあり、会社としては仕事に支障が出ては困ると思うのですが、かといってこのような背任行為を看過すべきではないと考えます。

年間800万という高額のﾘｰｽ契約であるにもかかわらず、権限を1名に集約している当社にも問題があると思いますが、‘弁済’請求は行う姿勢で進めようと考えています。「仕事用として携帯していた」等という理由で（会社としては不要な）PCを返還されたとしても、当初の額で請求可能なのでしょうか・・

判例等では、それに伴う損失に関しては、償却資産価格での支払いを命じているケースが多いでしょう。
お話のリースとなりますと、リース残存価格、契約終了時の資産価格での請求となるでしょう。

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> 年間800万という高額のﾘｰｽ契約であるにもかかわらず、権限を1名に集約している当社にも問題があると思いますが、‘弁済’請求は行う姿勢で進めようと考えています。「仕事用として携帯していた」等という理由で（会社としては不要な）PCを返還されたとしても、当初の額で請求可能なのでしょうか・・