厚生年金保険法施行規則にしっかり書いてあります。
被保険者になったときは会社に年金手帳を提出(規則3条)。そして手続き後
(年金手帳の返付等)
第16条 事業主は、第3条第1項又は第2項の規定によつて年金手帳の提出を受けたときは、当該年金手帳を確認した後、これを被保険者又は70歳以上の使用される者に返付しなければならない。この場合において、第3条第1項第1号又は第2項の申出があつた者については、その者の年金手帳に変更後の氏名を記載しなければならない。
手続き後預かるのは、法的根拠のない、いや法令に反した取り扱いとなります。そんなもんで、預かっていた会社が、従業員のもとめで、一時貸し出し?して行き来している内に、どっちがもってるのかわからなくなり、結局一文をとって全員に返却したことがあります。
コンプライアンスを標榜する会社なら、担当課に上の条文をつきつけて、おたくのコンプライアンスに関する取り組みはどうなってるのと、聞かれるといいです。