こんにちは。
げんたと言います。
(レス付けようかどうするか迷ったのですが)
労働保険料等の算定基礎となる賃金早見表
http://www2.mhlw.go.jp/topics/seido/daijin/hoken/980916_6.htm
ですので、その都度、雇用保険を徴収しなければいけないかと思います。
尚、以前使用していた「雇用保険の一般保険料額表」は、平成17年3月に廃止となりました。
その一般保険料額表の中に、賃金額が92,000円未満又は 484,000円以上の被保険者が負担する一般保険料の額は、その賃金額に保険料率を乗じて得た額とする旨が記載されていたような記憶があります。
※92,000円と48,400円の金額は記憶があやふやです。
また、雇用保険に限らず、社会保険(健康・年金)の標準報酬月額の算定基礎でも通勤手当は算入する必要があります。
健保等に確認したわけではないですが、現金支給した場合、その月に支払った給与と現金支給した通勤手当の合算から標準報酬月額を出さなければいけないのではないでしょうか?
そうすると処理が面倒なので、普通は給与と一緒にその月の分の通勤手当も支給しているのだと思います。
また、今回の場合は定期券に変更との事ですので、恐らく全額非課税になるかと思いますが、通勤手当はすべて非課税ではありませんのでご注意下さい。
http://www.matsui-sr.com/kyuyo/1-2tukin.htm
「通勤手当 非課税」等で検索かければ距離・通勤手段・額によって非課税の範囲が記載されているページに
辿り付けるかと思います。