こんにちは。
私の勤め先は、公共交通機関が不便なもので、ほぼ100%マイカー通勤です。
通勤手当は、通勤距離に応じた国税庁の非課税限度額を1給与月の上限として、
非課税限度額÷1ヶ月の平均労働日数÷2
という計算式で算出した「片道1回あたりの金額」を、実際に勤務した日に通勤した分だけ支給しています。(有休の申し出だけして帰った日や、有休を取得した日は通勤費の支給対象にしていません。)
<マイカー・自転車等>
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2585.htm
気をつけることは、まずマイカー通勤規定を作成することでしょう。
許可要件などを決めておかないと、後々トラブルになった時に困ります。
私の勤め先では、
・マイカー通勤を希望する時は、事前に申請書を提出して、会社の許可を得なければならない(申請書には通勤ルートの地図・運転免許証,車検証,自賠責&任意保険の保険証書のコピーを添付してもらっています。)
・片道2km未満の者へは、マイカー通勤を許可しない
・マイカー通勤する場合は、自賠責の他に任意保険(対人・対物とも無制限)に加入しなければならない
・通勤方法等に変更があったときや、事故,違反等があったときの届出義務(免許更新時や任意保険の更新時にもコピーの提出を義務付けています)
・変更報告を怠った場合には通勤手当を返還させる可能性があること
・悪意をもって、故意に不正な通勤手当を受け取っていた場合には、既に受け取り済みの通勤手当を全額返還させるとともに、以後は通勤手当を支給しない
などのことを定めています。
とりあえず、思いついたことを書いたので、ハニハニさんの質問したいことが含まれていなかったらすみません。
ご参考になる点がありましたら幸いです。