賃金台帳記載内容について

弊社では近く給与体系をみなおして、残業手当として一定額を支給し、タイムシートに基づいて計算した金額が手当を上回った時には翌月差額を支給するように変更しようとしております。ところが、給与ソフトを使用して実労働時間を入力すると、理論上支給するべき金額が計算されてしまい、定額残業手当を差し引くことができません。
そこで、残業代の計算はExcelを使用して別管理とし、労働時間数は入力せず超過した金額のみを給与ソフトに入力しようと思っております。この場合賃金台帳には労働時間数が出てこないことになりますが、別紙で明確にできるので差し支えないと考えていいでしょうか？
ご教示ください。よろしくお願いいたします。