有給休暇と欠勤と休職の違いについて

事故の後遺症、なかなか他人に理解してもらえないのでつらいでしょうね。

ところで有給休暇は本人の取得申請があって初めて有効になるものですが、有休取得申請はされましたか？　申請なしに会社が勝手に有休扱いにすることはできません。また、とりあえず１週間、といってそれより長引いた場合、その都度会社に連絡して有休の延長を申し入れていますか？　連絡なしで休んでいれば会社は無断欠勤として処理してしまいますよ。

次にあなたの別の質問で「入社２年目」とありましたが、２年目で有休が４０日もあるのでしょうか？　初年度分が全て未消化であったとしても２年目でよくて２４日程度、入社後１年半に満たなければ初年度分の１０日分しかないのが普通です。１か月半も休んでいれば当然有休は使い果たしているのではないかと思いますが・・・。この点については会社に確認するべきと考えます。

有休について

既にアドバイスがあるとおり、有休はその理由は問わないものの事前申請が原則です。でも多くの会社が、病気による当日申請にも対応しております。社員が希望するので不利益変更ではなく「厚遇」になるので労基署は問題視しません。事後対応している会社もありますが、それは連絡ができない場合だったり、会社の温情だったりします。

傷病欠であっても、労災認定すれば、無給ではないと思います。
労災でなくても3日以上連続で休む場合、傷病手当の申請というのもあります。

何故労災にしないのか、有休が何日あるのかなどはわかりませんが、早く良くなられますよう。