運送作業の時間外における委託料の支払基準について

物流業者との業務委託契約を締結していおり、
運搬や作業費については単価を定めております。

かなり前に契約締結しており、当時単価について以下の内容のみ
で詳細を定めていませんでした。

最近になって他部署より指摘があり発覚したのですが、毎回
取引先より時間外（１時間分）を含めた請求をしてきていました。

取引先に確認すると9：00からの作業だと作業準備と現地移動に時間を
要すために時間外が発生するとのことです。

基本的な質問なのですが、現地作業していない時間も当社が負担すべき
なのでしょうか。

また、負担する場合、どこまでみるのが普通なのでしょうか？
①作業準備時間＋移動時間
②移動時間
③作業時間

○契約例
＜車両単価＞
運搬距離：300Kmまで
車　　両：4ｔ車
単　　価：80,000円

＜作業員＞
9：00～17：00
責任者：30,000円/日
一　般：20,000円/日
時間外（9：00～17：00以外）
責任者：3,000円/時
一　般：2,000円/時

取引先には「そのようになってますから」と言われているのですが、
費用負担部署への納得のいく説明が難しくどなたかご教示願います。