年末調整、1月の給与ソフトに申告書の内容を入れるまでの流れに

どのようなソフトを使用されているか分からないので簡単に。

Ｈ２３年扶養控除申告書の内容を登録する。
Ｈ２３年保険料控除申告書の内容を登録する。
Ｈ２３年配偶者特別控除申告書に該当する場合は登録する。
　扶養控除申告書の配偶者と配偶者特別控除はどちらか一方しか登録できないと思いますが、二重に登録されていないか確認してください。
Ｈ２３年住宅借入金等特別控除申告書があれば登録する。
中途採用者の前職の平成２３年給与所得の源泉徴収票（甲欄扱い）を登録する。
その他、賃金台帳に反映されていない給与に関わる支給控除があれば登録する。
１２月給与の変更情報を登録する。

この時点で年末調整前データのバックアップを取っておきましょう。

ソフトで年末調整を実行する。
年末調整投入データが反映されてることを確認する。

給与支給等が終わったら１２給与を終了させて１月給与に移行する。
（多分）Ｈ２４年の給与・賞与支給日を登録する。
Ｈ２４年扶養控除申告書の内容に基づき内容を修正登録する。

こんなところでしょうか。
ソフトによってもいろいろクセがあるので、マニュアル、サポートセンターを活用してみてください。