勤務表+給与計算の機能を持ったソフトをお探しと推察します。
EXCELで勤怠を打ち込み勤怠情報をCSVなどで今使用している給与ソフトにデータ取り込みしているのでしたら、
勤務表プロ(プロシステム株式会社)
http://www.pro-system.co.jp/products/kinnmu.html
の福祉施設モデルが参考になるかと思います。
ホームページを見る限り、病院や福祉施設を意識した設計になっているようで、私見ですが勤怠管理には強そうです。
CSVの出力と給与ソフトの取り込み連携が上手くいくのかは、確認の必要があるかと思います。
EXCELで勤怠から給与計算まで全て行っているのであれば、勘定奉行CMでお馴染みの
就業奉行+給与奉行(OBC)
http://www.obc.co.jp/
のソフト連携が参考になるかと思います。
自分は給与奉行しか使っていませんので、就業奉行との連携は行っていません。
就業奉行のデモをみてみると設定が複雑そうですが、いろいろな業種にマルチに対応しているようで、事細かに設定が可能のようです。
OBCのサポートは結構手厚いので、保守サポート契約で電話やWEBで丁寧に教えてくれますし、タイムリーにメールマガジンでサポート情報を配信してくれます。
(タイムレコーダや給与明細配信のオプションも充実しています)
今回紹介したソフト以外の物を含め、いずれのソフトを選択しても、それなりの費用がかかることは考慮しておく必要があるかと思います。