雇用調整助成金の休業手当算定方法

初めて相談させていただきます。
雇用調整助成金についてです。

休業手当の算定方法(休業手当100%支給です)
一日＝月額(基本給)÷一ヵ月の所定労働日数 と休業協定書で結んでいましたが
実際には月額(基本給)÷月平均所定労働日数の21日で二年近く計算し支払いしていました。
この二年間は労働保険料での計算で助成金を受けていました。
四月からクーリング期間が空け、また助成金を申請するつもりで準備していたところこの間違いに気付きました。

助成金センターへ問い合わせたところ
労働保険料で計算し助成金を受けていたならば、不正にはならず返還等はありません。が、その差額を従業員に支払うかどうかは会社と労使で決めてくださいとのことです。

100%支給でも差額は支払わないといけないのですか？60%支給なら分かりますが…。
またその差額はどのように計算して出しますか？

担当していた前任者が退職し、これから私一人で担当することになり分からなかったので、この場で相談させていただきます。