ちなみに、年末調整時の課税所得はどうなっていましたか?
課税所得がゼロであれば、住民税額がゼロだったとしても何ら不思議はないですが・・・。
もし年末調整時の課税所得がプラスなのに、住民税額がゼロなのであれば、
可能性としては、
財源移譲に伴い、年末調整時に住宅ローン控除が所得税額を上回ったため、
控除しきれなかった分を住民税から控除してもらったとか、
(住宅ローン控除が所得税から控除しきれなかった場合は、住民税から控除してもらうことができます)
確定申告で医療費控除や雑損控除を受けたりして、
結果として、課税所得がゼロになったとか、
そのあたりも考えられるかと思います。
まあ、いずれにしても、詳細が不明ですし、
確定申告のことまで会社が把握することはできないですから、
いくら考えても結論が出ることはないと思いますよ。
推測の域を出ませんからね。
ちなみに、住民税からの住宅ローン控除については、
以下のサイトがわかりやすいかと思います。
【参考】
http://allabout.co.jp/house/housingloan/closeup/CU20071129A/