厚生年金と共済組合の加入の件

お世話になっております。
質問があります。
■質問１
①社員が４０年間厚生年金加入でいく場合と、②２０年間は厚生年金加入→取引先提示条件により、２年間厚生年金を脱会し、相手先の共済組合に加入→戻ってきてから再び１８年間厚生年金に加入、した場合、①と②を比較し、本人に何らかの不利益は発生するでしょうか？共済組合の仕組みが明るくありませんが、標準報酬月額は同額とします。
■質問２
本人への給与支払いを①月払いとした場合と、②年俸制とした場合で、本人に何らかの不利益は発生するでしょうか？
※前に年俸制とした場合、事業主側としては厚生年金や健康保険には上限額の頭打ちがあるため、法定福利費の節約が可能となることを見聞きしたことがあります。しかし、その反面、社員は将来受け取る年金給付額に多少とも不利益が発生することとなるのではないかと思われます。共済組合に明るくないのですが、こちらにもやはり上限額があるのでしょうか？
以上、よろしくお願いいたします。