所得税の年末調整の疑問（扶養からみ）

年初に提出した扶養控除等申告書の扶養親族について、8月に訂正削除されているとすれば、担当者の対応は不適切です。
年の途中で扶養親族に変更があった場合は、その段階から変更後の条件で税額計算しなければなりません。「システム」が何を意味するのか不明ですが、給与ソフトであれば必ず変更に対応できるようになっています。あるいは、貴社独自のシステムであるならば、対応できるようにしなければなりません。ましてや、税務署がそのような手抜きを認める筈がありません。
失礼ながら、担当者が「どうせ年調するから、途中は適当でいい。」的な感覚としか思えませんが。

どのような給与ソフトを使われているか分かりませんので一般的なことを。

ＡＣＥ２９様が８月に家族を税扶養から外して欲しい旨、会社に申請していれば、その時点で大抵の給与ソフトは家族情報の登録の変更ができると思います。

例えば４月１日は就職するお子様が沢山いらっしゃると思います。その時点で、会社の担当者が「就職で税扶養から外す扶養親族が居る場合は申し出て下さい」と周知して申し出があった扶養親族を外しておくことは可能かと思います。

年の途中で扶養親族から外すも、年調で差額精算するも、税務署としては年間の税金が正しく納付されていれば問題とならないと思います。