時間外手当について

こんにちは。

少し分からない点があるので、質問させて下さい。

弊社は、建築業関係の中小企業です。
普段なら、休日出勤などは時間外手当で固定給に+αされます。
今回、社員の一人が、休日出勤の届を出すのが遅く
2/中ごろから4月15迄の分約100時間分を提出してきました。
会社的には認めていますが、法的にどうなのかを知りたいと思います。

ちなみに、弊社の締めは前月21日～今月20日締めの同月25日払いです。

どうか宜しくお願い申し上げます。