印鑑

その印影を利用する書面の重要性による、というのが正直な意見です。

総務の森でも、過去に類似した回答を行いましたが、

　　http://www.soumunomori.com/forum/thread/trd-109543

　　http://www.soumunomori.com/forum/thread/trd-102087

純粋に考えれば、スキャナー画像や印刷コピーした陰影は記名と同じ程度のように感じております。
ただ、それも含めた全体の書面成立過程における信憑性と、事務作業に要するコストとリスクを総合的に検討し判断されたものであれば、画像・印刷コピーでの利用を否定するものではありません、実際、これをもって争点に敗れてしまうこともほとんどないでしょうし。

あ、教えて。さんが認識されているように、基本を理解されたうえで会社了解・方針の下行われることだと考えます。

因みに、請求書だから良いという判断ではなく、その重要性から鑑みて行われているもの、とご理解いただいた方が良いと思います。

以上、私見も含めまして、ご参考まで。