申告書の提出があることを前提に税額計算をしたということでの考えです。
2つの対応方法があると思います。
①未提出の申告書を至急提出してもらうこと。
②未提出の場合の20%税額から、現に徴収済みの税額を控除した残額を、至急本人から入金してもらうこと。
①は冒頭の前提の本来在るべき状態にする方法です。
②は未提出の場合の徴収税額に調整する方法です。
本人がどちらを選択するか。申告書という書類を提出するのか、不足税額の支払という現金支出を選択するのか。
どちらかできちんと処理しておかないと、税務当局の調査が入ったら追徴となります。