当然には無効にはならないでしょうが、参照先(改正後の就業規則)が形式的にマッチする場合、文意成立しないということはあり得ます。
後知恵になるかもしれませんが、参照されることの多い就業規則を条数の繰り上げ下げはせずに、労基法8条(削除)のように欠番、あるいは同41条の2のように追加していくのが、混乱を引き起こさない方法でもあります。
見栄えが悪いと、繰り上げ下げするなら、下位規定類を全文検索されて、就業規則を参照する条項をすべてひろいあげ、就業規則変更議案の附則に新旧すべて掲載する作業は必須でしょう。