IT企業　請求書(派遣契約）

> Web-EDIシステムで発行される請求書で「作業委託費」と「業務委託費」の種別があり、このシステムでは「作業委託費」は準委任契約と派遣契約で「業務委託費」は請負契約の際に使用することとされています。とある派遣契約をしている会社から「作業委託費」は委託になるから派遣契約の請求書に使用するのは問題ではないか？との指摘がありました。
> 派遣契約の場合は、「作業委託費」という文言では問題となるのでしょうか？

業務を委託しているわけではないので確かに言葉尻では問題があるように思えます。
そもそも運用ルールがシステムによるものなのか？それともそれまでの慣習によるものなのかで、問題に対する視点が変わります。
派遣はあくまでも受入会社の指揮命令下のもとで働くものであり、単独では業務出来ません。
よって、派遣会社が言うことは至極当たり前のように感じます。
なぜ、ご質問のような内容になっているかを整理したうえで、対応を検討される方がよろしいかと思います。