乙欄適用を甲欄適用へ変更する場合

私見ですのでご容赦を。

①控除後の支給金額で銀行利息等の不利益が発生する可能性もあるので、甲欄電算機特例に基づき再計算し、２月の給与支給で差額調整する。
　２月で調整しきれない場合、翌月以降も調整を行う。（自動計算結果後に直接入力での差額修正）
　最終的に年末調整実施で精算する。
②年末調整時での精算が行われる旨の説明を個々に行い、同意を得られれば年末調整時まで待ってもらう。

自分ならどうするかを考えた時、社員説明を実施して、甲欄電算機特例に基づき再計算して本来あるべき所得税額に修正します。