「勤怠管理」の「怠」の字

こんにちは。
正解はわかりませんが・・・

法律というよりは日本語の問題かと思われます。

「勤怠」を辞書で調べると
勤惰（勤惰）。勤勉と怠惰。また，出勤と欠勤。
とあります。

よって日本語の意味として正しく使われています。

ちなみに、当たり前に使われていて自覚していませんが、「勤怠管理」という言葉は、「就労している労働者に対して使用者が使用するもの」「給与計算等に係るもの」などといった概念も含めて使用しているかと思います。

「勤退管理」「勤務管理」「出退管理」等でも意味が通じれば別に問題ないと思われますが、勤務の何を管理しているのか（時間・状況・勤務と退職？）や誰の出退なのか（訪問者の入室退室？）、誰が誰を管理しているのか等多岐にわたるので、一般的には「勤怠管理」を使用していると考えます。

確かに違和感があります。実態としては勤務時間の把握と全く同義で用いられているからでしょう。

労働者の「勤勉か怠惰か」までを、つまり個々人の労働密度まで把握することは、業種や仕事の内容にもよるかもしれませんが、一般的には困難だと思われます。またそれを目的とした尺度がないような場合でも「勤怠管理」という言葉が用いられている感があります。

私見では、明らかに実態を言い表していない用語に出会ったとき、質問者さんのような問題意識を持たず、漫然と仕事を続ける人々をこそ「怠惰」と呼ぶべきではないかと思います。

日本語（漢語か？）上は、「勤怠」でしょう。

退としたいのは、

勤、すなわち出「勤」に対して、「退」社（終業のほう）をペアにしたいと意識してしまうからでは？

在場時間管理のみならず、労働日なのに出てこない管理（休暇を事前権利行使したのか、労働者帰責の欠勤なのか）も使用者としては重要でしょう。

スマートな回答をすると「何も法的根拠はありません」

勤怠管理という用語を使っている会社が多いですが、
労働基準法に「勤怠」という単語は出てきません。