ビミョーな雇用形態

厚生労働省のいう偽装請負には、大きく分けて、
実態が労働者派遣に該当するにもかかわらず、請負契約と偽装して人を派遣している
（A社とB社が請負契約を結び、B社の人間が“A社の指揮命令下”で業務している）
というケースと、
実態が労働者に該当するにもかかわらず、個人事業主による請負契約と偽装している
（A社と個人Cが請負契約を結び、Cが“A社の指揮命令下”で業務している）
というケースの2パターンがあります。
御社の場合は後者ですね。
いずれの場合も、A社の指揮命令下で業務しているという点で、
偽装請負にあたります。
請負契約では、発注者であるA社が請負主であるB社や個人Cに業務の進行や労働時間等の細かい指示を行ってはいけないからです。

本来、個人事業主は、その会社の雇用者ではありませんので、
労働基準法の適用外で、会社が社会保険等に加入させる義務もありません。
しかしながら、労働基準法では、会社に“使用され”、“労務提供の対価として賃金を受け取っている”者はすべて労働者とみなされることになっていますから、
御社のように会社の指揮命令下で業務しているような場合は、
たとえ契約の名目が業務委託契約であろうと労働者とみなされ、
労働基準法の適用＆保護を受けることになります。
したがって、御社での取り扱いは、明らかに違法性があると考えます。

【参考】
http://www.ootemae.co.jp/BFspimages/PDF/BF200302_01.pdf

Mariaさん、大変的確でわかりやすいご回答をいただき有難うございました。
おかげさまで気持ちがすっきりしました。
あとは、なんとか改善されないものか努力してみます。
本当に有難うございました！