こんにちは。
「請求書の差し替え」をしていただいてはどうですか?
新しく作成するものは、先方の指示する金額で作成した上で、内訳の欄を設けるのです。
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御請求書
株式会社○○○○御中
○○○○株式会社
代表取締役○○○○(代表印捺印)
請負工事名○○○○の出来高部分払として、以下の金額をご請求申し上げます。
¥●●●●-
(うち消費税等の額●●●●円)
<内訳>
「請負金額●●円」
「今回請求額●●円(出来高部分払)」
「残額●●円」
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※-線内は例です。このような感じでいかがでしょうか?
そして、書類の送付書に「お手数ですが、先に送付した請求書と今回お送りさせていただいた請求書との差し替えをお願いいたします。先に送付したものは、お手数ですが処分願います」と書き添えればよいのでは?
ご参考になれば幸いです。