経理の請求関係について

皆さまはじめまして。私は今年入社３年目の総務担当です。
まだまだわからないことばかりで毎日が勉強の日々ですが
、いつもこちらのサイトを拝見し、大変頼りにさせていただいてます。

今日は、当社で現在取引をしているＡ社についてご意見を伺いたくコメントを投稿しました。的外れな質問かもしれませんが、どうぞよろしくお願いします。

当社は建設関係の下請けを行っています。４月末に納品・入金という契約で、ある仕事をＡ社から２件請け負いました。
しかし４月を過ぎてもＡ社から入金は無く、何の連絡の無いまま３ヶ月が経過しました。その間、こちらから相手方の経理担当者に連絡を取ろうとしましたが、相手はフルタイム勤務ではないそうでなかなか掴まりません。相手の方は実務歴１５年以上の経理のベテランだそうで、私のような未熟者では取り付く島もありません（電話でのお付き合いしかしていないので、その方の本質はわかりかねますが･･･）。
当社としてもこれ以上待つ余裕は無いので、社長から相手の業務担当者に催促をしていただき、今月１０日にやっと入金の確認が取れたのが先月末です。
しかしふたを開けてみれば、入金されていたのは１件分の金額のみでした。
当社の総務（経理も兼務）は私を含め２名で、経営に直接かかわる業務は先輩がされていますが、この話には私も首を傾げたくなる気持ちです。
不景気で資金繰りが苦しいのはお互い様だし、古くからのお付き合いだからあまり強くは言えないと先輩はおっしゃってますが、「だからって連絡のひとつくらいするのが当然じゃないの？相手の資金繰りの問題もあるし、下請法も制定された今、少なくともそれが経理担当者の責任ってものでは？？」とモヤモヤしています。
こんな話は誰にもできないので、こちらに書かせていただきました。
それともこんなことは一般的によくあることで、黙って泣き寝入りするのが経理の手腕のひとつなのでしょうか･･･
よくわからなくなりました。
ご意見をお聞かせください。